Действие игры разворачивается в 2047 году, а вам предстоит выступить в роли Пророка. Он возвращается в Нью-Йорк, где узнает о том, что город находится под куполом Nanodome, который был создан корпорацией C.E.L.L. Жителям сообщают, что Nanodome необходим для их защиты и очистки метрополисов от последних цефов, однако, на самом деле, его строительство является частью тайной операции по захвату технологий ради мирового господства.